1、SYBR? Green 试验设计

      SYBR? Green 可能是实时PCR中最常用的化学分子。BeaconDesigner?可以设计SYBR? Green PCR引物，并且可以帮助您进行前导引物评估。您可以自主控制设计参数或者直接选择由专家研究和交流后得到的默认值。同时您还可以针对特殊的实验需要自己设置默认值。

      除了可以在目的基因的任意位置中定位引物，Beacon Designer 还可以跨内显子-内显子或外显子-外显子设计引物。跨外显子内含子连接的引物设计有助于选择性地从gDNA中扩增得到cDNA。

      2、HRMA 试验设计

      Beacon Designer?提供了一个检测突变的高效方法。相对于以探针为基础的基因型分析，HRMA更经济实惠。该软件运用一种特有的专利的算法，能够设计出检测突变的最好引物。

      HRMA引物被设计将感兴趣的突变设计于最短的扩增子，能够检测到解链温度变化。引物避免了模板的二级结构，保证了有效的引物延伸。HRMA引物可以在NCBI上比对核苷酸信息来检测特异性。此外，预引物和已经发表的引物同样可以用来检测。

      3、双标签探针设计

      Beacon Designer目前支持基于四种探针的化学反应：

      4、TaqMan 探针

      使用Beacon Designe能够帮助您研究不同基因表达以及单核苷酸多态性。同样，您可以选择LNA替代taqman探针，它比taqman探针更加稳定。Beacon Designer?可以帮助您设计甲基化的taqman探针。MethyLight 是一个高通量的分析，用来区别甲基化和非甲基化的DNA。通过Beacon Designer?，可以通过设定甲基化和非甲基化链，以及未处理DNA序列的寡核苷酸来适当地控制引物和探针的设计。您可以使用这些化学物评估pre-designed/published的引物或TaqMan?探针。设计完成之后，系统会根据不同的寡核苷酸属性将设计的结果按性能排序并给出一个结果列表。

      5、分子信标

      设计或评估标准分子信标或用于NASBA分析的分子信标。NASBA是一个依赖引物的技术，用于单一混合物在一个温度下的连续扩增。您可以设计单一温度或多反应的分子信标。

      6、Scorpions

      Beacon Designer支持Scorpions引物和探针的设计。Scorpions分析不依赖于探针的酶活性口袋。引物和探针在反应过程中紧密的偶联。

      7、FRET探针

      Beacon Designer可以对之前设计的FRET探针进行再设计和评估。BeaconDesigner 中，FRET探针能与SYBR? Green偶联在一起。

      8、多重实时PCR分析

      利用Beacon Designer，您可以根据多重实时PCR分析设计TaqMan?，可多达5条包含参考基因选择的序列。