软件有两个选项卡，其中LePro用于分子蛋白处理，可去除蛋白中的离子、金属、水分子等，会生成分子对接要用到的IN文件。在确定了对接参数后，可使用LeDock项目来进行分子对接。

　　一、蛋白准备

　　在LePro标签的Protein input中选择3cl0.pdb的路径(注意路径中不能含有中文)，然后软件会自动在选择在该路径下生成pro.pdb(处理过后的蛋白的pdb文件)及dock.in(用于下步分子对接的参数文件)，点击Add Hydrogen，上述2个文件就会立马生成。dock.in文件包括了均方根偏差(RMSD)，Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示对接出来的构象聚类时RMSD的截断值;Binding pocket表示结合位点的3维坐标，分别为Xmin Xmax，yminymax，Zmin Zmax;Numberof binding poses表示生成的构象个数，经聚类后产生的构象数会少于之前所生成的数目。

　　二、分子对接

　　在LeDock标签的Protein input，Docking input中分别指定上一步生成的pro.pdb与dock.in文件的路径，在Ligand input中指定需要进行对接的配体——lig.mol2的路径(该路径需和前两个文件的路径相同，且对接的分子需要为mol2格式)。最后，点击Start docking，会生成Iig.dok文件(对接产生的化合物构象所在文件)，该文件可用Pymol来观察化合物的构象。