MaxQuant软件是一款相当优秀的实用型蛋白质谱分析工具，MaxQuant绿色版功能强悍，支持用户轻松设置原始数据、组特定参数、全局参数、性能和可视化组态。MaxQuant便捷好用，可以将质谱产生的raw文件转换得到相应的肽段和蛋白情况，从而进行下一步分析研究。

MaxQuant软件功能

　　用于分析大型质谱数据集的定量蛋白质组学软件包，

　　用于LC-MS/MS质谱测序数据的标量及非标量蛋白数据库搜索及分析，

　　针对高分辨率的MS数据，支持多种定量标记技术及非标定量。

　　支持原始数据、组特定参数、全局参数、性能、可视化、组态

　　也支持在软件上查看 Six frame translation、氨基酸、UniProt sequence extraction

MaxQuant软件特色

　　1、MaxQuant软件提供蛋白质分析功能

　　2、可以将实验参数加载到软件分析

　　3、可以添加单一的数据参数执行分析

　　4、也可以通过数据组合的方式完成分析

　　5、拥有多种组态方案，可以快速建立下一个分析方案

　　6、支持FTMS M / S匹配容差，支持FTMS去同位素

　　7、也可以编辑FTMS MS / MS去偏差公差单位

MaxQuant使用方法

　　1、打开MaxQuant软件，启动以后进入分析界面

　　2、分析的时候需要将原始数据打开，点击load就可以进入数据查看界面

　　3、也可以选择特定的生物实验数据组合打开，选择建立多个分析实验组

　　4、可以在下方设置全局参数，这里有很多可以选择的模式例如 MS/MS-TMS ，MS/MS-Unknown

　　5、点击 MS/MS- TOF，可以在左边找到很多编辑的项目

　　6、支持TOF MS / MS去异位耐受性、支持TOF MS / MS去偏差公差单位

　　7、也可以选择数据可视化，将生物实验的数据显示在图表

　　8、在工具界面上可以找到氨基酸信息

　　9、打开以后出现下列数据，可以在这里查看氨基酸的相关数据

MaxQuant更新日志

　　1、修复上个版本的bug

　　2、优化部分功能